Às 17h47, horário local do dia 2 (16h47, horário de Pequim), um avião de passageiros da Japan Airlines colidiu com uma aeronave da Guarda Costeira após pousar no Aeroporto Haneda de Tóquio naquela tarde, causando um grave incêndio.Segundo relatos, todas as 379 pessoas a bordo do voo da Japan Airlines escaparam. Cinco pessoas a bordo do avião da Guarda Costeira do Japão morreram e o capitão ficou gravemente ferido.
É relatado que o avião da Guarda Costeira estava originalmente programado para voar para a área atingida pelo terremoto de Ishikawa para entregar suprimentos de socorro, mas não seguiu as instruções da estação de despacho, fazendo com que os dois aviões "rearendassem".
O Ministério de Terras, Infraestrutura, Transporte e Turismo do Japão e a Guarda Costeira do Japão realizaram uma conferência de imprensa.Foi anunciado que as autoridades identificaram a colisão de avião que ocorreu no Aeroporto Haneda de Tóquio naquele dia como um acidente de aviação e notificaram o Conselho de Segurança de Transporte do Japão.
Em conferência de imprensa realizada pela Japan Airlines, o responsável pela empresa disse:O avião de passageiros da JAL que colidiu com uma aeronave da Guarda Costeira do Japão no aeroporto de Haneda, em Tóquio, naquele dia, recebeu permissão de pouso do aeroporto antes do incidente.
A tripulação afirmou que a aeronave se aproximou da pista e iniciou as operações de pouso da mesma forma de costume.
De acordo com notícias divulgadas pela Japan Airlines, afetada pela colisão do avião no Aeroporto Haneda de Tóquio naquele dia,A empresa cancelou um total de 116 voos domésticos no Japão no dia 2, afetando aproximadamente 19.920 passageiros.